به نقل از خبرگزاری خبردونی، در تاریخ ۱۵ خرداد ۱۳۶۸ و پس از انتخاب آیتالله خامنهای به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران توسط مجلس خبرگان، حجتالاسلام و المسلمین سیداحمد خمینی پیامی به ایشان ارسال کرد. این تلگرام که روز بعد در روزنامه کیهان منتشر شد، حاکی از حمایت و تبریک سیداحمد خمینی نسبت به این انتخاب بود.
متن تلگرام به شرح زیر است:
«بسمهتعالی
رهبر عزیز جمهوری اسلامی ایران
حضرت آیتالله آقای حاج سیدعلی خامنهای دامت برکاته
با سلام و احترام، انتخاب حتمی و شایسته شما موجب خوشحالی تمامی دوستداران اسلام و انقلاب اسلامی در سرتاسر جهان گردیده است.
شما از شخصیتهای بارز انقلاب اسلامی ایران بوده و همواره مورد احترام امام خمینی (ره) قرار داشتهاید. امام بارها شما را به عنوان مجتهدی معتبر و شایستهترین فرد برای رهبری نظام اسلامی معرفی کردند. من و تمامی اعضای بیت امام، از اعضای محترم خبرگان برای این انتخاب صمیمانه تشکر میکنیم، چرا که روح امام از این اقدام خرسند است.
من بار دیگر به عنوان برادری کوچک، اوامر ولیفقیه را بر خود لازمالاجرا میدانم.
والسلام علیکم و رحمهالله و برکاته
مخلص شما – احمد خمینی ۱۵ر۳ر۶۸»
