در تاریخ ۲۹ آوریل ۱۸۵۴ (۸ اردیبهشت ۱۲۳۳)، دانشگاه لینکلن به عنوان نخستین مؤسسه آموزش عالی ویژه سیاهپوستان در ایالات متحده تأسیس شد. این دانشگاه که در ایالت پنسیلوانیا واقع شده، در آغاز با عنوان «مؤسسه اشمون» شناخته میشد، اما در سال ۱۸۶۶ به افتخار آبراهام لینکلن، رئیسجمهور پیشین ایالات متحده، نام آن تغییر کرد. لینکلن به خاطر صدور فرمان آزادی بردگان در سال ۱۸۶۳ در میان سیاهپوستان آمریکایی از احترام ویژهای برخوردار است.
بنیانگذار دانشگاه، جان میلر دیکی، که خود سفیدپوست بود، در زمینههای مذهبی فعال بود و به همراه همسرش سارا املن کرسِن، خدمات خیریهای به جامعه آفریقاییتباران ارائه میکرد. دیکی تلاش کرد تا یک فرد آزادشده به نام جیمز ایموس را برای آموزش در مدارس مذهبی ثبتنام کند، اما به دلیل تبعیض نژادی، او خود بر عهدهدار آموزش این فرد شد.
در سال ۱۸۵۳، ایده دیکی برای تأسیس دانشگاهی جهت آموزش جوانان سیاهپوست در حوزههای مختلف علمی و الهیاتی مورد تأسیس شورای کلیسایی نیوکاسل قرار گرفت. این مؤسسه به خاطر ارتباط نزدیکش با دانشگاه پرینستون به «پرینستون سیاهپوستان» نیز معروف شد. بسیاری از اعضای هیأت علمی دانشگاه لینکلن در واقع از پرینستون فارغالتحصیل شده بودند و در توسعه برنامه درسی آن نقش داشتند.
دیکی همچنین از اعضای «انجمن استعمار آمریکا» بود که هدف آن بازگرداندن سیاهپوستان به آفریقا بود. با گذشت زمان و بعد از جنگ داخلی، رفتهرفته گرایش دانشگاه به تربیت دانشجویان برای نقشهای کلیدی در آمریکا تغییر یافت. در اوایل، دانشجویان به وجود هیأت علمی کاملاً سفیدپوست انتقاد داشتند و این دانشگاه برای نخستین بار استاد سیاهپوست خود را در سال ۱۹۳۳ و رئیس سیاهپوست خود را در سال ۱۹۴۵ به خدمت گرفت. به علاوه، در سال ۱۹۵۳، این دانشگاه پذیرش زنان را نیز آغاز نمود.
دانشگاه لینکلن توانسته است چهرههای برجستهای را تربیت کند که از میان آنها میتوان به تورگود مارشال، قاضی دیوان عالی ایالات متحده، و لنگستون هی Hughes اشاره کرد. یکی دیگر از فارغالتحصیلان نامدار آن، قوام نکرومه، نخستوزیر غنای مستقل بود که به آفریقا بازگشت تا پیام خودگردانی را منتشر کند. این تغییرات در مفهوم اهداف دانشگاه نشاندهنده تحول در رسالت آن از تربیت مبلغ به تربیت رهبران و متخصصان در جامعه آمریکایی بوده است.
